民主治理，是主婦聯盟合作社有別於企業與有機商店的一大特色。
台灣最高的權力機關是由立委組成的立法院，而合作社最高的權力機關是社員代表大會。
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2015 年 3 月 22 日，全國各地的第五屆社員代表齊聚一堂，召開了社員代表大會。
這次會議的重點是選舉監事，雖然候選人我通通都不認識，不過稍稍探聽一下之後，還是輕鬆地投下了我神聖的一票。中午投票之後，下午進行的是議案討論。雖然之前已經在各分社邀集分社社代開過會前會，先針對會議提案進行討論報告，但在會議上依然有著非常精彩的討論，讓人一點都不會想睡覺，其中以合作社盈餘提撥公益金比例調整案最為熱烈。
社員分配金會依照社員利用額分配給社員，
公益金則是用來支持其他理念相近的非營利組織。
